Le microbiome est un mot nouveau qui désigne l'ensemble des génomes du petit monde qui nous habite, j'ai désigné les bactéries, les virus, levures et microorganismes qui existent à des milliards d'exemplaires dans la nature ,dans le regne animal et végétal et dans notre propre corps.Savez vous par exemple qu'on estime à un poids de 2 kilos, l'ensemble des microorganismes, 1 à 1.5 milliards d'individus, qui vivent bien au chaud dans le corps humain. Nous en hébergeons en nombre dix fois plus que le nombre de nos propres cellules!

On les trouve en majorité dans cinq régions de prédilections du corps humains,la bouche, la peau,le nez,le système digestif et le systéme urogénital. Et la plus grande partie d'entre elles y exécutent des fonctions qui sont indispensables à notre propre vie. Elles participent à la dégradation des protéines,assurent toutes sortes de fermentations, prennent en charge les taches ménagères les moins ragoutantes et se battent contre nos envahisseurs. Autant dire que nous ne pourrions pas vivre sans elles.

Pourtant certaines d'entre elles peuvent avoir une action néfaste pour nous. Certaines sont carrément toxiques et un déséquilibre entre tel ou tel type de microorganismes peut séparer l'état de bonne santé de celui de malade!Canalblog016

Les américains viennent de lancer un programme de recherche très étendu, appelé le "Human Microbiome project", HMP, dont le but est de mieux connaître cette flore interne et externe en essayant d'établir justement le microbiome d'un patient en bonne santé par rapport à celui d'un malade.L'outil de prédilection de nos jours, surpout pour des bactéries qui sont des organismes relativement simples, c'est de commencer par établir leur génome.Pour un millier d'entre elles, les plus courantes, tout de même!

Aprés cette mise en jambe, les chercheurs vont essayer d'identifier qu'est ce qui sépare le microbiome du bien portant de celui du malade et donc de detecter les modifications qui accompagnent le passage d'un état à l'autre.Une tache infiniment complexe en fonction du grand nombre de combinaisons de microorganismes intervenant dans nos processus et du nombre de maladies.

L'évolution de la technique d'établissement du génome qui permet désormais de detecter les génomes de toute une population bactérienne en une seule opération va permettre de découvrir quels microorganismes vivent et dans quelle(s) partie(s) du corps humain et comment évolue cette population d'organismes dans le passage de la santé à la maladie.

En d'autres termes on va passer de l'approche de l'étude des intéractions uniques d'une bacterie ou d'un microbe à une cellule humaine à une approche collective des intéractions d'une population de mircroorganismes sur une population de cellules pour une maladie donnée.

Bonne chance à tous les chercheurs dans cet ambitieux programme. Un regret néanmoins,que ce ne soit pas la recherche européenne qui ait lancè un tel programme.Encore faudrait il, me direz vous, qu'il y ait une recherche européenne...